Из одного списка мыл удалить те, которые присутствуют в другом списке.

Проще всего с поставленной тобой задачей справится следующий несложный скрипт на php:

<?php
$parsed_emails = array_map('trim',file('ЧТО_УДАЛЯЕМ.txt'));
$new_emails = array_map('trim',file('ОТКУДА_УДАЛЯЕМ.txt'));

$filtered = '';
foreach($new_emails as $new)
{
if (!in_array($new, $parsed_emails))
$filtered .= $arr."\n";
}
file_put_contents('ИТОГОВЫЙ_СПИСОК.txt',$filtered);
?>

Также, если ты работаешь в никсах, тебе поможет следующая команда: "sort ЧТО_УДАЛЯЕМ.txt ОТКУДА_УДАЛЯЕМ.txt | uniq -u > ИТОГОВЫЙ_СПИСОК.txt"